C'est un ninja extrêmement doué (dès son plus jeune âge, il parvint rapidement à maîtriser le sharingan) et devint la fierté de son père, Fugaku. Les habitants de Konoha reconnaissent sa formidable (et précoce) avancée dans la hiérarchie ninja du village. Il devint genin à 7 ans, il maîtrise ses sharingans à 8 ans, chūnin à 10 et a 13 ans il devient le chef de l'anbu .

    Par hasard, il découvre que son sharingan peut évoluer en mangekyou sharingan (un sharingan beaucoup plus puissant) à la seule conditon de tuer son meilleur ami (ce qu'il fit). Possesseur de ce dōjutsu ultime, il exerce son pouvoir sur son propre clan et décime un à un tous les membres, parents inclus, sauf Sasuke, qui échappe au massacre, s'entrainant prés d'un lac. Lorsque Sasuke revient, il a l'effroyable vision de voir Itachi donner le coup de grâce à son père, sa mère étant déjà étendue au sol. Sasuke, terrorisé, fuit en suppliant son frère de ne pas le tuer. Itachi apparaît en un éclair devant son frère, lui affirmant qu'il ne le tuera pas, celui-ci étant bien trop faible et ne présentant aucun intérêt, même à être tué. Il lance ensuite un ultimatum à son petit frère "Si tu veux me vaincre, haïs moi, déteste moi, et accroche toi pathétiquement à la vie". Après ces paroles, il utilise son sharingan pour endormir son petit frère. Il disparaît de Konoha à la fin de cette effroyable soirée. Il n'y réapparaîtra que sous le costume de l'Akatsuki (Lune Rouge).
   
    Pour le compte de cette organisation, il recherche Naruto pour lui prendre Kyûbi, le démon-renard à neuf queues scellé dans son corps. Il semble avoir un but précis, peut-être la raison pour laquelle il a épargné son frère, et qui reste mystérieuse. Il a un excellent genjutsu(Tsukuyomi) qu'il utilisera contre Sasuke, cette technique est une illusion très puissante qu'il peut déclencher avec son sharingan comme avec son doigt ! Cette technique peut durer jusqu'à 72 heures, soit 3 jours pour celui qui la subit, mais ne dure que 1 seconde en temps réel. Pendant ces 3 jours celui qui subit l'attaque se fait torturer par l'utilisateur de la technique, ce qui peut être mortel même à la fin de l'illusion. Dans l'Akatsuki il fait équipe avec Kisame Hoshigaki, exclu du village du pays du brouillard.Il est celui qui a fait intégrer Deidara dans l'Akatsuki et c'est lui qui a coupé la main d'Orochimaru poussant celui-ci à quitter Akatsuki.

    Dans l'organisation Akatsuki, Itachi est le n°3. Son anneau représente le phénix: Suzaku.朱, Shu, le Sanguinaire, annulaire droit d'Itachi